Ju 88 A-5 - přechodová verze mezi A-1 a A-4 - včetně verze A-5(F)
Ju 88 A-6 - varianta A-5 se zařízením proti balónovým barážím
Ju 88 A-7 - cvičná verze varianty A-5
Ju 88 A-8 - varianta A-4 se zařízením proti balónovým barážím
Ju 88 A-9 - tovární verze A-1/trop
Ju 88 A-10 - tovární verze A-4/trop
Ju 88 A-11 - tovární verze A-5/trop
Ju 88 A-12 - cvičná verze varianty A-4
Ju 88 A-13 - bitevní varianta A-4
Ju 88 A-14 - vylepšená bitevní varianta A-4
Ju 88 A-15 - verze nevyráběná v sérii s velkou protáhlou pumovnicí
Ju 88 A-17 - verze A-4/torp bez podtrupové gondoly
řada B
Ju 88 B-0 - projekt s integrální verzí kabiny, vyrobeno jen 10 kusů
Ju 88 B-1 - sériová verze B-0, nevyráběna
Ju 88 B-2 - průzkumná verze, nevyráběna
Ju 88 B-3 - bitevní verze, nevyráběna
řada C
Ju 88 C-0 - konverze Ju 88 A-1 na bitevní letoun
Ju 88 C-1 - plánovaná produkční verze C-0 (s motory BMW 801 MA)
Ju 88 C-2 - modifikovaná A-1 (s motory Jumo 211 B-1)
Ju 88 C-3 - modifikovaná C-2 (s motory BMW 801 MA), nevyráběna
Ju 88 C-4 - modifikovaná bitevní A-4 s neproskleným nosem a zvýšenou výzbrojí (motory Jumo 211 F-1) - včetně Ju 88 C-4/R (pozdní model C-4 s motory Jumo 211 J-1 nebo J-2)
Ju 88 C-5 - vylepšená C-4 s motory BMW 801 D-2, pouze 10 kusů
Ju 88 C-6 - verze C-6a: denní stíhací letoun - modifikovaná C-4 s motory Jumo 211 J-1, zlepšeným pancéřováním a výzbrojí - verze C-6b: noční stíhací letoun - s radarem FuG 212 Lichtenstein C-1 - verze C-6c: noční stíhací letoun - s radarem FuG 220 Lichtenstein SN-2 (+ některé pozdější s radarem FuG 227 Flensburg a FuG 230 Naxos) a Schränge Musik
Ju 88 C-7 - verze C-7a: denní bombardovací a těžký stíhací letoun vycházející z verze C-6 - verze C-7b: varianta C-7a s pumovými závěsníky - verze C-7c: varianta s motory BMW a kanóny MG 151
řada D
Ju 88 D-0 - průzkumná verze založená na A-5, malosériová výroba
Ju 88 D-1 - průzkumná verze založená na A-4 (s motory Jumo 211 J-1), zpoždění výroby (zahájeno až po D-2) - včetně varianty D-1/trop
Ju 88 D-2 - verze D-1 s motory Jumo 211 G-1/H-1 - včetně varianty D-2/trop
Ju 88 D-3 - varianta D-1/trop
Ju 88 D-4 - varianta D-2/trop
Ju 88 D-5 - upravená a vylepšená verze D-1/trop, resp. D-3
Ju 88 G-2 verze G-1 s přepracovaným vybavením, produkce stornována
Ju 88 G-3 jen projekt
Ju 88 G-4 vylepšená verze G-1, menší změny ve vybavení
Ju 88 G-5 verze G-1, pouze projekt
Ju 88 G-6a verze G-4, motory BMW 801G (1700 k), "Schräge Musik" standartně 2 kanony MG 151
Ju 88 G-6b jako verze G-6a, dodatečný FuG 350 Naxos, zvýšená kapacita paliva
Ju 88 G-6c motory Jumo 213A (1750 k), snížená kapacita paliva
Ju 88 G-7a
Ju 88 G-7b jako G-7a s radarem FuG 228 Lichtenstein SN-3 nebo FuG 218 Neptun VR (jako Ju 88G-7n)
Ju 88 G-7c jako G-7a s radarem FuG 240 Berlin N-1a
Ju 88 G-8 jako G-7 ale s trupem H-2
Ju 88 G-10 podobný G-8, ale používaný pro program Mistel
Ju 88 G-12
Ju 88 H-1
Ju 88 H-2
Ju 88 N neoficiální označení pro jeden Ju-88C-4 vybavený raketometem Nebelwerfer
Ju 88 P V1 protitankový prototyp,Modifikovaný A-4 s jedním 75 mm kanonem KwK 39, motory Jumo 211J (1340 k)
Ju 88 P-1 produkční model Ju 88P V1, kanon KwK 39 nahrazen 75 mm kanonem PaK 40
Ju 88 P-2 jako P-1 se dvěma 37 mm kanony BK 3.7 (Flak 38 ), konverze z A-4
Ju 88 P-3 jako P-2 s vylepšeným pancéřováním, motory Jumo 211H, konverze z A-4
Ju 88 P-4 motory Jumo 211J-2, útočná výzbroj redukována na jeden 50 mm kanon BK 5
Ju 88 R-1 C-6b s motory BMW 801MA nebo 801C (1600 k) a radarem FuG 212 Lichenstein C-1. Tři MG 17 a jeden 20 mm MG 151/20 vpřídi plus dva MG FF v břišní gondole
Ju 88 R-2 Verze R-1 s motory BMW 801D (1700 k) a přídavným radarem FuG 202 Lichtenstein BC a FuG 217 Neptun R. Některé byly také vybaveny pasivním radarem FuG 350 Naxos Z
Raritná snímka Junkersu Ju 88 H-1, na ktorej vpravo kráča (s mapou v ruke) Staffelkapitän3.(F)/123Hauptmann Höfer. Za ním kráča vyšší dôstojník (Oberst i.G. Friedrich Kiess?), ktorému predvádzal predmetný stroj.
