Narodil sa v Quetzaltenango, ako syn Švajčiarskeho lekárnika presídleného do Guatemaly. Základné štúdiá získal vo svojom rodnom meste a následne na kolégiu María Bennett de Rölz. Nastúpil na vojenskú akadémiu, ktorú roku 1935 ukončil ako podporučík, slúžil u roty kadetov kavalérie. Na túto akadémiu sa znovu vracia roku 1937 ako učiteľ vied a histórie.
Roku 1943 má hodnosť kapitána a velí Rote kadetov kavalérie. Árbenz sa pridal k skupine vojenských dôstojníkov, ktorí napomohli k moci diktátorovi Jorgemu Ubicovi roku 1944. Po zvrhnutí Ubica Árbenz slúžil ako minister obrany vo vláde Juana José Arévaloa.
V roku 1944 bol členom revolučnej junty po zvrhnutí prezidenta Ponce Vaidesa. Po Otóbrovej revolúcii v roku 1944 a zvrhnutí prezidenta, Guatemala potrebovala niekoho kto by jej vládol a kpt. Jacobo Árbenz Guzmán, Jorge Toriello a mjr Francisco Javier Arana, sformovali revolučnú vládnu juntu.
Junta pomocou vládnych dekrétov začala modernizovať krajinu a jej inštitúcie. Začalo sa s inštitucionalizáciou a modernizáciou legislatívneho systému ako aj súdnictva. Dôležitým bodom bolo zvolanie zasadnutia, ktoré vypracovalo novú ústavu, zaručujúcu slobodné a spravodlivé voľby.
Nová ústava bola vypracovaná v roku 1945 a je považovaná za jednu z najlepších a najpokrokovejších ústav aké kedy Guatemala mala.
Uvedená ústava obsahovala niekoľko vecí ako napríklad: • Oddelenie mocí vo vnútri štátu • Autonómiu univerzity Universidad de San Carlos de Guatemala • Koniec nútených prác a zákaz veznenia za dlhy • Uznanie žien ako občianok • Danie práva voliť ženám (ale s výnimkou žien analfabetných) • Uznanie ústavných práv a garancií
Revolučná junta zvolalo následne prezidentské voľby, ktoré sa uskutočnili v decembri 1944 a ako víťaz z nich vzišiel Juan José Arévalo.
V marci 1951, Árbenz vyhral prezidentské voľby a prevzal prvý krát v guatemalskej histórii moc ako prezident mierovou cestou. Prevzal moc 15.3.1951, pričom za ciel si kládol zlepšenie ekonomiky krajiny a jej premenu z ekonomiky semikoloniálnej na nezávislú ekonomiku. Premenu krajiny zo zaostalej na modernú kapitalistickú spoločnosť a pozdvihnutie životnej úrovne obyvateľov.
Najdôležitejšími cieľmi ktoré si kládol boli stavba vodnej elektrárne Jurún-Marinalá, v Escuintla, stavba Atlantickej cesty a výstavba prístavu v Santo Tomás, pod menom Matías de Gálvez. Ale nadôležitejším bodom jeho vlády bola agrárna reforma (Decreto 900). S touto reformou sa chcelo zamedziť zneužívaniu rolníkov vlastníkmi pôdy a ich otrockej práci na poliach. Obyvateľstvo podporovalo danú reformu, ale velké podniky boli proti v čele s United Fruit Company, ktorá vlastnila najviac pozemkov v krajine a venovala sa exportu banánov z nich. Taktiež katolícka cirkev ako veľký vlastník pozemkov sa postavila proti.
Daná reforma počítala aj s prerozdelením vlastníctva pôdy a aj s tým že rolníci tiež môžu byť jej vlastníkmi, ako aj že majú právo na spravodlivú mzdu. Taktiež sa zakazovalo násilné zabratie pôdy.
Prezident USA Eisenhower mal podozrenie že krajina smeruje k socializmu a postavil sa proti Árbenzovi, podozrenie zo sympatii ku komunizmu bolo mnohokrát zneužité zo strany USA pre invázie alebo štátne prevraty v latinskej Amerike.
S pomocou USA Guatemalský plukovník Carlos Castillo Armas napadol vlastnú krajinu s jednotkami podporovanými USA a CIA. Invázia (operácia PBFORTUNE) bola podporovaná 4 lietadlami letectva USA a invázia bola úspešná. Árbenz, nemohol počítať s pomocou Guatemalskej armády, nakoľko v minulosti odstavil armádu od moci a nespolupracoval s ňou pri vládnutí., ako aj nakoľko jeho vláda bola pod vplyvom Guatemalskej strany práce (Partido Guatemalteco del Trabajo PGT – komunistov).
Celá operácia sa ukončila v noci 27.6.1954, kedy bol prinútený rezignovať na post hlavy štátu a odísť do exilu. V danú noc sa uchýlil na velvyslanectve Mexica.
Následne odišiel spolu s rodinou do Mexica, kde nejaký čas pobudol a potom sa odsťahoval do Švajčiarska. Ale Švajčiarska vláda si ho tam nežiadala, pokial si udržiaval svoje Guatemalské občianstvo.
Odmietnutý Árbenz sa odsťahoval do Paríža, potom do Prahy a nakoniec do Moskvy a nakoniec konečne v roku 1957 odišiel do Uruguaja. Po víťaznej revolúcii na Kube F. Castro ho pozval na Kubu, s čím súhlasil. Po sebevražde svojej dcéry odišiel na jej pohreb do Mexica, kde taktiež dostal ponuku aby tam zostal, avšak 27. 1.1971 zomiera v kúpeľni za nevysvetlených podmienok.
Jeho pozostatky sú prevezené do hlavného mesta Guatemala 19.10.1995 počas vlády Ramira de León Carpio.
Prezident Guatemaly /15.3.1951-27.6.1954/ 
